电鱼对捕捞对象没有选择性，会直接导致电捕区域水生生物死亡，侥幸逃脱的鱼类其生理功能会遭受不同程度损伤，运动能力、捕食能力、抗病能力和识别能力都会显著降低，并极易导致不育，造成鱼类遗传特性发生变异，鱼类资源逐渐衰竭甚至灭绝，从而威胁人类生存环境平衡。
电鱼释放的电流还会对鱼类的饵料生物造成伤害，对浮游动植物和底栖生物有极高的致死作用，未打捞上岸的死鱼沉至水底，腐烂后影响水质，造成水环境的次生污染。
同时使用不当或出现漏电现象，瞬间产生的高压对人身安全构成极大威胁，极易发生人被电击身亡的事故，存在严重安全隐患。
